Одним из самых известных правителей Боспора был понтийский царь Митридат VI. В период правления Митридата VI Боспорское царство входит в состав Понтийской державы. Фактически оно утратило свою политическую самостоятельность.
Царь Боспора стал единовластным правителем, он сосредоточил в своих руках все функции: военные, судебные и жреческие. В некоторых городах найдены свидетельства, что Митридата почитали как божество. В период правления Митридата Евпатора на Боспоре управление основными городами и областями переходит в руки царских наместников, некоторые органы местного самоуправления упразднены, усилилась аристократизация и бюрократизация государственных органов. Но при этом города Боспора совершали попытки отстаивать свои права и при возможности выходить из-под власти Митридата. Эти попытки неоднократно пресекались понтийским правителем.
В очередной раз подчинив себе Боспор Митридат пытался сделать Северное Причерноморье своей базой против борьбы с Римом, но недовольство местных властей привело к восстанию. К восставшим примкнула армия сына Митридата Фарнака, понтийский царь понял, что обречен, и в 63 г. до н.э. покончил жизнь самоубийством. После правления Митридата отмечается активное вмешательство Рима в государственные дела Боспорского царства с помощью своих ставленников на престоле, а позже и утверждения царей Боспора.
