В конце XVIII – начале XIX веков главная политическая цель российских монархов состояла в нивелировании различий в «образе правления» между Войском Донским и остальной частью Российской империи. В результате ряда административных преобразований на Дону, предпринятых Екатериной II и Павлом I, была полностью ликвидирована автономия донского казачества. Казаки стали жить по общеимперским законам, лишившись практически всех своих привилегий и «особого образа правления».
Новый этап коренных преобразований в управлении Войском Донским начинается в годы царствования императрицы Екатерины II. После подавления крестьянского движения под предводительством донского казака Емельяна Пугачева (1773 – 1774 годов) правительство приступило к разработке дальнейших мер, направленных на реорганизацию войсковых органов власти и превращению донского казачества в военно-служилое сословие империи. Правительственный курс в этом направлении возглавил начальник легкой кавалерии и иррегулярных войск, фаворит Екатерины II – князь Г. А. Потемкин.
В 1775 году Потемкин представил императрице доклад, содержащий широкую программу преобразований на Дону. Он особо отметил, что решение земских и гражданских дел у донских казаков производится не на основе общеимперского законодательства, а «купно с делами военными и подвержены неограниченной власти атамана». Для отделения в Донском крае гражданской власти от военной и пресечения злоупотреблений атаманов, Потемкин предлагал учредить в составе Войска Донского «для правления всех земских дел» Войсковое гражданское правительство. Оно должно было заниматься всеми хозяйственными делами Войска: сбором доходов и расходов, управлением промыслами, торговлей и прочими делами гражданского суда. Доклад был утвержден императрицей и получил силу закона.
Войсковое гражданское правительство состояло из войскового атамана, 2 постоянных членов, которые назначались Потемкиным и 4 членов, формально избиравшихся кругом, а фактически войсковыми старшинами. Военными и полицейскими делами управлял войсковой атаман, которой руководствовался не решениями Войскового круга, а указаниями Военной коллегии. После создания правительства Войско Донское окончательно утратило свою автономию, превратившись в административную единицу Российской империи, вольнолюбивое население которой лишилось практически всех своих привилегий и стало жить по общегражданским законам страны.
Учреждение Войскового гражданского правительства привело к ожесточенной борьбе за власть между враждовавшими группировками войсковых старшин и утрате атаманом реальной власти. Чтобы изменить сложившееся положение на Дону новый император Павел I высочайшим указом от 6 июля 1797 года восстановил в Войске Донском «прежний образ правления» в виде Войсковой канцелярии.
«Утверждаю совершенно и без изъятия все прежде бывшие постановления войска Донского, намерен сохранить их в целости для продолжения того правления, коим войско Донское было всегда на пользу государя и отечества» Из Высочайшего указа Павла I «О восстановлении в Войске Донском прежнего образа правления»
Канцелярия войсковых дел старшин возникла на Дону еще в начале XVIII века. Она состояла из всех старшин города Черкасска и старейшин от всех казачьих станиц. На ее заседаниях под председательством войскового атамана обсуждались вопросы из различных сфер жизни Войска Донского. Орган, воссозданный при Павле I, в новых условиях рубежа XVIII – XIX веков оказался малоэффективным и его функционирование привело к дальнейшему усилению значения и власти донских старшин.
Павел I, стремившийся к централизации и унификации общеимперского управления, в 1800 году проводит коренную реорганизацию Войсковой канцелярии. Впервые в высший орган казачьего управления было введено лицо невойскового происхождения – прокурор. С этого времени в Войсковой канцелярии, кроме атамана и 2 членов, присутствовали назначаемые императором особы. По военным делам она состояла в подчинении Военной коллегии, а по гражданским – Сената.
В итоге нововведения Павла I привели к тому, что решением важнейших дел на Дону занимались центральные органы Российской империи. Войсковой круг стал выполнять исключительно декоративную функцию, его значение еще более упало и фактически свелось к зачтению на нем высочайших грамот и поминанию почивших монархов. С переносом столицы Войска Донского в Новочеркасск в 1806 году рядовых казаков вообще перестали созывать на круг. Целенаправленные действия центральной власти на протяжении XVIII – начала XIX века привели к тому, что Войсковой круг как демократический орган самоуправления донских казаков навсегда утратил свое прежнее значение.