Во второй половине XVII века во взаимоотношениях между Московским царством и Войском Донским продолжали нарастать противоречия. Прежде всего, это было связано с настойчивой попыткой московского правительства усилить свою власть над донским казачеством, ограничив его вольности и самостоятельность.
После полного закрепощения крестьян по Соборному уложению 1649 года произошло усиление притока беглых крестьян на земли донских казаков, где действовал неписанный принцип казачьей вольницы – невыдача людей с Дона, так и не признанный Москвой и еще более обострявший ситуацию.
Из беглых крестьян на Дону формировались отряды казачьей голытьбы, принимавшие активное участие в «воровских» походах на Волгу «за зипунами». К 1670 году походы «за зипунами» под предводительством Степана Разина переросли в открытый конфликт между правительством и казачеством, а затем и в общероссийскую крестьянскую войну. Войсковая верхушка на Дону не смогла противостоять восставшей голытьбе и в итоге потеряла свою власть, которая перешла к С. Разину. В мае 1670 года на очередном круге восставших казаков в Паншине Разин призывал идти походом на Русь:
«...Любо ль де им всем итти з Дону на Волгу, а с Волги итти в Русь против государевых неприятелей и изменников, чтоб им из Московского государства вывесть изменников бояр и думных людей и в городех воевод и приказных людей?»
Московские власти обещали «простить» донских казаков и возобновить выплату им «государева жалованья», если те начнут «чинить промысел» и, нарушив основной принцип своей самостоятельности, «поимав тех воров, Стеньку и Фролка» Разиных, выдадут их с Дона в Москву.
Для восстановления отношений между Войском и Москвой донские старшины приняли московские условия и не только привезли Разиных в столицу, но и в конце августа 1671 года все донское казачество было приведено к присяге на верность московскому царю. Для проведения церемонии на Дон с отрядом прибыл полковник Г. Косагов. Войсковой круг пришлось собирать три раза, поскольку многие казаки отказывались принять крестное целованье.
Согласно тексту присяги казаки должны были раскрывать на Дону «тайные заговоры» против государя, главных заговорщиков отсылать в Москву, а их сторонников «по войсковому праву казнить смертию».
«На здравие государя и всей его царской фамилии не посягать и, кроме царя Алексея Михайловича, другого государя… на царство московское никого не призывать и не желать» Из текста присяги 1671 года на верность царю Алексею Михайловичу
С этого времени территории Войска вошли в состав Московского царства на правах широкой внутренней автономии, а донские казаки стали служилыми людьми. Войско Донское сохраняло свое внутреннее самоуправление – Войсковой круг продолжал выбирать атаманов, но при этом вся внешнеполитическая деятельность казачества попадала в полную зависимость от русского царя.