В начале XVIII века центральной российской власти удалось окончательно подчинить независимый и вольный в недалеком прошлом Дон. В годы царствования Петра I Войсковой круг лишился права выбора войскового атамана, а земли Войска Донского превратились во внутреннюю провинцию России с некоторыми особенностями в управлении и сохранением части особых прав и привилегий донского казачества.
После завоевания Россией Азова в 1696 году донское казачество фактически попало под контроль азовского губернатора. Масштабное реформирование всех сторон государственной и общественной жизни, предпринятое Петром I в начале XVIII века в условиях ведения Северной войны 1700 – 1721 годов, требовало ликвидации донской автономии. Петр I несколько раз посещал донскую землю и лично знакомился с жизненным укладом донского казачества. Особенно поразила царя войсковая организация казаков, их высокая воинская культура и боевые качества. Но для того, чтобы успешно использовать военный потенциал казаков во внешнеполитических акциях России, было необходимо ликвидировать на Дону все остатки вольностей и былой самостоятельности.
В условиях проведения реформ стране требовалась концентрация всех материальных и людских ресурсов, которые новыми потоками стали утекать на Дон, находя здесь свободное от государственного давления пристанище. В 1707 году Петр I решил окончательно покончить с бегством в донские земли крепостных крестьян и служилых людей, направив туда карательный отряд под руководством Ю. Долгорукого. Бесчинства карателей, которые на своем пути «многие станицы огнем выжгли», вызвали ответную реакцию. Казаки во главе с К. Булавиным, перебив весь отряд карателей, решили отстаивать свою свободу. Булавинское восстание, развивавшееся по сценарию разинского, докатилось до центра России, включив в отряды восставших не только казаков, но и крепостных крестьян.
«Атаманы молодцы, дорожные охотники, вольные всяких чинов люди, воры и разбойники! Кто похочет с походным военным атаманом Кондратием Булавиным погулять, по чисту полю красно походить, сладко поесть да попить, на добрых конях поездить – приезжайте к нему…» Из «прелестного письма» К. Булавина к «атаманам молодцам»
В результате заговора казачьей верхушки Булавин был убит, и вскоре восстание удалось подавить. Его итогом стало массовое истребление казачества карательными отрядами, потеря Войском Донским значительной части своих земель и утверждение его полной зависимости от русского правительства.
В отличие от Разина Булавин был избран войсковым атаманом с соблюдением всех норм войскового права, поэтому Петр I, осознав какую опасность таит в себе казачье самоуправление, начал с ограничения выборности донских атаманов, установив свое право на утверждение избранной кругом кандидатуры. В 1723 году Петр I полностью лишит Войсковой круг права выбора войсковых атаманов и станет всемилостивейше жаловать эту должность старшинам Войска Донского. Таких атаманов именовали «наказными».
В общем контексте административных преобразований в 1716 году Войско Донское из ведения Посольского приказа было передано Правительствующему Сенату, а в 1719 году его вместе с Терским и Яицким казачьими войсками поручили Коллегии иностранных дел. В марте 1721 года Петр I специальным указом повелел «донским казакам во всех отношениях быть в ведении Военной коллегии», что означало начало окончательной ликвидации суверенитета Войска Донского. С этого времени донское казачество становится частью общероссийской армии.
Однако комплексом административных мер властям не удалось окончательно ликвидировать демократические институты донского казачества. Казаки продолжали сохранять определенную автономию и выборность всех руководителей войска кроме атамана. На протяжении всего XVIII века в периоды обострения социальных и военных конфликтов казачество во главе с войсковыми старшинами продолжало обращаться к Войсковому кругу за поддержкой своей политики.